故事从日本元志元年（1864年）3月的京都开始，父母被长州藩士杀害的市村铁之助，一心想要变强于是加入了哥哥辰之助隶属的新选组。但这里的人都因为阿铁个子矮年龄小看不起他，叫他小家伙，阿铁根本无法加入。 　　此时沮丧的阿铁遇到了新…

在遥远的未来，随着南极冰层的融化，一万两千年前随亚特兰帝斯大陆深入海底的有翼种族“堕天翅族”突然出现，他们携带着生物机械兵器“神话兽”不断袭击人类，夺取他们身体中的生体能量“普拉纳”，这场浩劫造成2/3的人死于非命。从此地…